Los egresados de Ingeniería de Bioprocesos proponen la obtención de productos o servicios de origen biológico que puedan ser útiles a todas las industrias relacionadas con el sector biotecnológico (entre las más relevantes: la química, farmacéutica, agrícola y de alimentos), centros de investigaciones sanitarias, biomédicas y biotecnológicas e inclusive instituciones públicas y privadas de servicios médicos. De manera importante, este campo disciplinar incide en otras industrias que son beneficiarias de los avances significativos de la biotecnología (generación de fuentes alternas de energía, remediación del medio ambiente y la minería, biomedicina, biomateriales, petroquímica, etc.).
Adicionalmente, y dada la necesidad de profesionistas altamente calificados que se vislumbra en esta temática, otras posibles ocupaciones que deben ser consideradas como oportunidad son: empresas de consultoría especializadas en biotecnología, agencias públicas o privadas de desarrollo e innovación en el sector biotecnológico o de campos afines y la posibilidad de iniciar una propia empresa biotecnológica. Así, el Ingeniero de Bioprocesos puede insertarse en el ámbito industrial local, nacional y global, donde puede ocupar cargos gerenciales de áreas de calidad, de procesos, de innovación y de manejo de residuos, entre otros.